Как упоминает главный герой в начале игры, его враги — не зомби. Под зомби (zombie) подразумеваются мертвые тела, оживленные одним из вирусов корпорации Umbrella. Поскольку жители деревни были заражены паразитами Лас Плагас и при этом были ещё живы, в этом смысле они не являются зомби. С другой стороны, если понимать под зомби людей находящихся в состоянии зомбирования, врагов в Resident Evil 4 вполне можно называть зомби. В игре их называют Ганадо (Ganado — исп. «скот», «стадо»). От зомби из предыдущих частей Ганадо отличаются лучшей координацией движения и пространственной ориентацией, возможностью использовать оружие и технику, а также умением говорить и понимать речь. Если понаблюдать издалека за Ганадо-крестьянами, видно, что они занимаются повседневными сельскохозяйственными работами. Основных врагов — бывших людей — можно разделить на три типа:
бывшие жители деревни, в деревне — могут использовать вилы, топор, кирку, нож, факел и динамит

В качестве особого оружия Ганадо в деревне также могут использовать коктейль Молотова в определённой ситуации — для этого в деревне в начале игры надо взобраться по лестнице на башню и подождать там некоторое время — Ганадос начнут бросать бутылки с зажигательной смесью снизу, пытаясь выманить героя.
члены религиозного культа, в замке — могут использовать кистень, косу, динамит и арбалет, могут также использовать для защиты покрытый металлическими шипами деревянный щит, которым также могут бить. Некоторые носят металлические маски-черепа, защищающие голову от пуль. В одной из видеовставок появляются несколько культистов, вооружённых винтовками, но по ходу игры они не встречаются.
бывшие солдаты с военной базы, на острове — могут использовать топор, динамит, арбалет, электрическую дубинку, а также кистень и щит, для защиты помимо всего прочего некоторые из них надевают на голову пуленепробиваемый шлем. (остается непонятным, почему они почти не используют современного оружия и откуда у них взялись кистени и щиты)

У некоторых ганадо после смерти лопается голова, откуда вылезает паразит, продолжающий управлять телом ганадо и способный наносить сильные повреждения самостоятельно. Внешний вид и возможности этого паразита разнятся в зависимости от типа ганадо:
у жителей деревни паразит похож на эластичный органический хлыст с шипами, который может бить круговым ударом
у членов культа может быть два типа паразита: первый обладает способностью вблизи откусить голову главного героя и тем самым мгновенно его убить, второй паразит выглядит как паук и после окончательного уничтожения тела может отделиться и атаковать главного героя самостоятельно
из солдат выползают либо паразиты-хлысты, либо паразиты-пауки

Также помимо вышеупомянутых есть несколько особых видов врагов:
Ганадо с бензопилой (доктор Сальвадор или сестры Белла) — отличается высокой выносливостью, а также способностью мгновенно убить героя в ближнем бою, отпилив ему голову.
Ганадо-Коммандос (Commandos) — бывший военный, отличается высокой выносливостью, вооружен мощным шестиствольным пулеметом.
Новистадор (Novistador) — быстрые крупные насекомоподобные существа, способные становиться невидимыми, а также ползать по стенам и летать.
Змеи — встречаются внутри ящиков и бочек, которые может разбивать игрок в поиске бонусов, резко набрасываются на героя и слабо кусают.
Пауки — очень быстрые и выносливые, могут резко сбить героя с ног.
Гаррадор (Garrador — от исп. «de garras» — «когтистый») — слепой зомби в броне, ориентируется на слух, вооружен метровыми выдвижными металлическими когтями, уязвим только в одной точке на спине, где паразит практически открыт.
Армадура (Armadura — исп. «доспехи») — средневековые доспехи, управляемые Лас Плагас, почти неуязвимы, вооружены тяжелым холодным оружием.
Коммандос в Броне — Ганадо, закованный в очень прочную броню и вооружённый длинной булавой, уязвим только в незащищенных броней местах.
Регенератор (Regenerator) — продвинутый вид ганадо, созданный путём экспериментов. Его можно убить только уничтожив все личинки Лас Плагас в его теле, иначе он неуязвим. Сделать это можно либо выпустив в него много пуль из автоматического оружия, что дает шанс поразить личинки, либо выявив личинки с помощью инфракрасного прицела, присоединяемого к снайперской винтовке.
Железная Дева (Iron Maiden) — усиленная версия Регенератора с большим числом личинок Лас Плагас в теле (в том числе одна обычно на спине). Его тело покрыто шипами, на которые он может насадить героя, притянув его к себе, если тот окажется слишком близко.
Эль Гиганте (El Gigante — исп. «гигант», «исполин») — может считаться полу-боссом, отличается огромными размерами, силой и выносливостью, а также необходимо следовать особой тактике, чтобы его уничтожить.

Помимо обычных врагов в игре встречается ряд врагов-боссов, обладающих уникальными способностями и тактикой уничтожения.

Ещё одной особенностью можно считать, что, помимо врагов, в игре встречаются ловушки в виде мин-растяжек (которые можно использовать также против врагов) и капканов (которые на врагов никак не реагируют).